昔はPerlIS.dllを使ったCGIのスクリプトを動かすときにはそのままでは動かなくてステータス行も書かないと駄目だったのですけど、今はCGIのスクリプトがそのまま動くようになっていたのですね。知りませんでした。
PerlIS.dllで動作しているかの確認方法のサンプルプログラムで、PerlISの時にだけステータス行を出力するというのを書こうとして動作確認してみて気付きました。
このことはMy CGI scripts don't seem to run right under PerlIS.に書いてありました。